한국교회가 다시 한 번 연세대학교의 정관회복과 관련하여 강도 높은 입장을 표명했다. 연세대학교의 정관 회복을 위한 활동을 계속하고 있는 '연세대학교설립정신회복을위한기독교대책위원회'(이하, 대책위/위원장: 손달익 목사)는 30일 그 동안의 연세대학교측의 대응들이 한국교회와 한국그리스도인들을 모독하는 행위라고 지적하며 한국교회의 정당한 요구를 즉각 수용하라며 더욱 강도 높은 입장의 성명서를 발표했다.
대책위는 성명서를 통해 '수년 동안 의도적으로 교계의 인사들을 이사회에서 배제하는 등의 위법한 이사회 구성, 정관 개정 결의 안건의 사전 통지 절차를 무시한 불법적인 이사회 소집과 결의, 헌법 규정으로 명시된 내용을 삭제 · 변경하는 내용상에 있어서의 불법성' 등 일관되게 한국교회가 지적해 온 사항에 대해 지적했다. 이어서 '학교 측은 한국교회와의 역사적 관계성 부정, 공동 원고로 참여하고 있는 교단간의 분열 획책, 정의와 원칙보다 학교 발전을 핑계로 재물을 추구하는 등의 주장으로 하나님과 한국교회를 모독했다'고 경고하면서, "이 같은 행위를 즉각 중단하고 정관의 원상회복을 위해 발 벗고 나설 것"을 촉구했다.
현재 진행 중인 '연세대학교 이사회 결의 무효 확인소송'에서 연세대 측은 학교가 설립될 당시 한국교회는 존재하지도 않았고 기여한 바도 없다고 주장하는 한편 앞으로 개방이사를 선임할 시에 한국교회의 의사를 배려하겠다는 의사를 피력하며 한국교회의 공동대응을 무력화하려는 시도를 했고, 이 같은 학교 측의 제안에 공동원고로 참여하고 있는 '한국기독교장로회'(총회장 박동일 목사)가 학교 측의 제안을 받아들이는 듯한 공문을 학교 측에 보낸 사실이 알려져 파문이 일었었다. 이에 대책위는 지난 5월 22일 확대 연석회의를 통해 기독교장로회에 입장을 철회할 것을 요청하고 연세대학교 민주동문회와 연세대학교 신과대학동문회 공동 명의로 성명서를 채택하여 발표하기로 결의한 바가 있다고 밝혔다.
이에 기독교장로회는 지난 5월 28일 대책위에 공문(총회: 98-348-대외-19)을 보내와 지난 4월 30일에 학교 측에 보낸 공문의 취지는 "점진적으로라도 파송교단의 이사를 모두 받아들이는 것이 연세대학교가 진리와 자유의 정신에 입각한 기독교적 설립정신을 회복하는 계기가 될 것이라는 점을 밝히고자 했던 것" 이라며, 이것이 학교 측의 주장대로 "한국기독교장로회는 금 번 재판에 소송할 의사가 없다는 것으로 해석되어서는 안 된다"고 밝히고, "앞으로도 연세대에 이사를 파송해 왔던 교단들과 다름없이 정관이 회복되어야 한다는 것이 교단의 분명한 입장"이라고 밝혔다.
한편 연세대학교 설립정신 회복을 위한 기독교대책위원회는 지난 2011년 10월 27일, 연세대학교 법인이사회가 교단추천이사제도를 폐기한 이후로 NCCK의 회원교단뿐 아니라 비회원 교단을 포함한 16개 교단과 평신도 연합단체의 참여로 조직되어 이번 사태에 대처하고 있으며 2014년 6월 11일, 항소심 선고 공판을 앞두고 있다.