한편 일본은 이날 중국 베이징 북한대사관에서 가진 북일 국장급회담에서 일본측 수석 대표인 이하라 준이치(伊原純一) 외무성 아시아대양주 국장을 통해 북한의 미사일 발사에 강력 항의했다.
이하라 국장은 "중요한 협의를 앞두고 29일 새벽 북측이 탄도 미사일을 발사한 사안이 있었다"며 "유엔안보리 결의, 일조 해양선언, 6자회담 원칙에 위배되며 매우 유감"이라고 말했다. 또 "일본 정부는 다시 한 번 엄중히 항의하며 앞으로 탄도 미사일 발사가 거듭되지 않도록 희망한다"며 "북측이 국제사회 요구에 충실하게 대응하기를 강력히 요구한다"고 덧붙였다.
이에 북한측 수석인 송일호 북일국교정상화교섭담당대사는 "우리는 유엔안보리 미사일 결의를 인정하지 않으며 배격한다는 입장을 수차례 밝혔다"고 밝히며 미사일 발사가"지역의 평화와 안전은 물론 국제항행질서와 생태환경에 사소한 영향없이 순조롭게 진행됐다"고 주장했다.
이날 북한과 일본은 납북 일본인 재조사와 이에 따른 일본의 대북 제재 해제를 안건으로 한 당국 간 협의에 착수했지만 북한의 미사일 발사에 진전을 보지 못한 분위기다. 외교가에서는 앞으로 북일 관계가 있어 북한의 합의 이행에 있어 보여온 신뢰부족으로 갈등을 겪을 것으로 보고 있다.