'북한선교대학원'은 국내 최초의 북한사역사 훈련 대학원으로써 북한교회세우기연합(대표회장 김진호 감독, 최병남 목사, 부회장 이수영 목사, 사무총장 김중석 목사)이 북한사역 일꾼을 양성하려는 목적으로 2009년 2월에 설립했다. 훈련은 교역자를 교육하는 '북한선교사' 과정과 평신도를 훈련하는 '북한전문인선교사' 과정으로 나뉘어 실시되고 있다.
2014년 현재까지 2년 과정을 마친 27명의 졸업생이 배출되었고, 현재까지 북한선교사로 파송받아 활동하고 있다. '북한선교사' 과정을 마친 교역자 졸업생들은 중국과 북한의 국경 지역에서 탈북자 사역 및 북한내지 사역을 하고 있으며, 국내에서 탈북자들을 상대로 목회를 하는 이들도 있다.
'북한전문인선교사' 과정을 마친 평신도 선교사들의 경우 자신이 속한 교회와 지역에서 북한선교를 위한 동원사역을 담당하고 있으며, 남한에 거주하는 탈북자 사역에 동참하고 있다. 평신도과정 졸업생들도 해외현장사역을 하기도 한다. 평신도 졸업생 가운데 해외선교단체의 요청으로 해당 선교회에 재파송되어 사역하기로 한다.
북한선교전문대학원의 교육은 2년 4학기로 진행되며 매주 월요일 오후1시부터 5시까지 수업을 진행한다. 여건상 수업 참석이 불가능한 경우에는 인터넷을 통해 수업에 참관할 수 있도록 돕고 있다. 학생들에게 교육하는 내용은 이론보다는 매우 실제적이고 현장감 있는 내용으로 채워져 있다. 따라서 교수진도 이론보다는 현장에서 직접 활동하는 인사들로 구성되어 있어서 현장사역에 직접 도움을 주는 내용들을 가르치고 있다.
지금까지 '북한인 전도학,' '탈북난민과 북한선교,' '현장답사' 등 선교현장에서 직접 요청되는 내용을 가르쳤으며, 2014년 9월 1일에 시작하는 가을학기에는 세종연구소 송대성 소장, 북한교회세우기연합 사무총장 김중석 목사, 총신대학교 김성욱 교수, 고려대학교 송봉선 교수, 북한사역자 제임스주 선교사, 북한사역자 곽인수 박사, 장로교신학대학교 고재길 교수, 북한전략연구소 대표 이윤걸 박사, 수영로교회 송영섭 목사, 북한인권단체연합회 사무총장 정베드로 목사 등이 강의에 참여할 예정이다. 또한 2014년 가을학기에는 12월 2일 오후4시에 졸업식 및 파송식도 함께 진행할 예정이다.
북한교회세우기연합은 그 동안 대북지원 사업을 하지 않았지만 앞으로 북한에 대한 인도적 사업에도 박차를 가할 예정이다. 또한 국내 교단연합 조직으로 머물지 않고 유럽, 북미, 호주 등 해외에서 활동하는 교회와 선교단체들과 적극 협력해서 해외에서도 조직을 갖춘 기관으로 확대하려고 한다고 밝혔다.
대학원 측은 "이런 방향으로 북한교회세우기연합의 대북사역이 확대되면 앞으로 북한사역의 훈련을 전문적으로 받은 사람들이 많이 요청될 것"이라며 "북한교회세우기연합의 사역에 졸업생들이 동참할 수 있는 기회를 제공하기 실습제도 등을 실시하고 있다"고 했다. 또 "졸업생들이 참여할 수 있는 북한사역의 장을 넓히는데 노력을 기울일 것"이라 했다.