종교활동 등 공익사업에 2년 이상 사용된 부동산은 수익사업에 활용하더라도 취·등록세를 부과할 수 없다는 대법원 판결이 나왔다.
대법원 1부(주심 김창석 대법관)는 "취·등록세 등 3천900만원을 취소해 달라"며 서울 찬양교회(대표 김차규 협동목사) 가 서울 은평구청장을 상대로 낸 취득세 등 부과처분 취소 소송에서 원고 패소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다고 9일 밝혔다.
재판부는 "2000년 개정된 지방세법은 비영리사업자가 부동산을 공익사업에 2년 이상 직접 사용하지 않고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 비과세한 취·등록세를 부과할 수 있도록 했다"고 전제했다.
재판부는 "부동산을 수익사업에 사용하는 경우 용도에 따른 사용기간을 묻지 않고 곧바로 취·등록세 부과사유에 해당한다고 본 원심은 법리를 오해했다"고 판시했다.
옛 지방세법 107조 단서 및 제127조 1항 단서 등은 부동산을 ▲대통령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우 ▲취득일 등기일로부터 3년 이내에 목적 외 용도로 사용하는 경우 ▲사용일로부터 2년 이상 목적 외 용도로 사용하거나 매각한 경우 취득세 등을 부과할 수 있도록 규정하고 있다
찬양교회는 2007년 2월 서울 불광동 소재 한 상가를 8억6900만원에 매입하고, 같은 해 5월 소유권이전 등기 후 '제사.종교.자선.학술 등 공익사업을 목적으로 비영리사업자가 부동산을 취득할 경우' 취득세, 등록세, 농어촌특별세, 지방교육세 등을 비과세하는 옛 지방세법에 따라 세금을 면제받았다.
이후 찬양교회는 2010년 5월 해당 부동산을 월 200만원의 임대료를 받고 수익사업에 제공했다.
이에 은평구청은 비과세 혜택을 받은 부동산을 수익사업에 사용하는 경우 취.등록세를 다시 부과할 수 있다는 지방세법 단서조항을 근거로 4000여만원의 세금을 부과했다
찬양교회는 이미 2년 이상 공익사업에 사용했기 때문에 과세 처분은 부당하다며 서울행정법원에 소송을 제기했지만 1·2심은 이를 받아들이지 않았다.
앞서 1·2심은 "대통령령이 정한 수익사업 중 하나인 부동산임대업에 해당하므로 과세 처분이 적법하다"며 원고 패소 판결했다.
