1차 투표에 1,366명의 대의원이 참여해 이종성 목사가 688표, 기호 2번 이욥 목사(대전은포교회)가 672표, 무효 6표로 투표자의 3분의 2가 되지 않아 결선투표를 진행했다. 그 결과, 이종성 목사 652표, 이욥 목사 605표, 무효 7표로 이종성 목사가 제79대 총회장에 당선됐다.
총회장에 당선된 이종성 목사는 앞서 정견발표에서 목회자 연금 유지와 투명하고 공정한 학교 이사 파송을 위한 추천이사제도, 일터 목회자를 세우고, 교단 사역 지원을 위한 공감센터 설립을 공약으로 제시했다.
한편, 이날 2일차 회무는 전회의록 낭독, 목회자 인준(147명), 전도사 인준(141명), 교회가입 청원(94개 교회)을 받고 기관 및 기관이사장을 인준했다.
인준된 이들은 (재)기독교한국침례회유지재단 이명원 이사장, 학교법인 한국침례신학원 이은미 이사장, 한국침례신학대학교 피영민 총장, 교회진흥원 전유일 이사장, 국내선교회 김주만 이사장, 해외선교회 문기태 이사장, 침례신문사 김종이 이사장, 전국남선교연합회 강명철 회장, 전국여성선교연합회 김정득 회장 등이다.
이어 총회 규약 개정안과 지방회 표준규약 개정안, (재)기독교한국침례회 유지재단, 학교법인 한국침례신학원, 국내선교회, 해외선교회, 침례신문사, 군경선교회, 전국남선교연합회, 전국여성선교연합회, 뱁티스트, (재)기독교한국침례회 은혜재단, 기획위원회, 선거관리위원회, 규약위원회, 윤리위원회, 위기관리위원회, 다음세대부흥위원회 개정안을 스마트보트를 활용해 심의, 개정했으며 침례교 사회봉사단 정관을 인준했다.
교단로고변경위원회와 홈페이지관리위원회, 영적성장대회 준비위원회, 민사소송 대응팀, 100만뱁티스트전도운동 준비위원회, 침례교사회봉사단 추진위원회 보고를 그대로 받았으며 특별조사위원회 회의록 및 보고서는 부결했다.
2023년 침례교 협동선교 운동에 대해 홍보영상을 시청했고 100만뱁티스트전도운동으로 27개 교회를 선정했다. 또 총회는 부흥상 20개 교회와 격려상 7개 교회에 소정의 상품과 후원금을 전달했다. 아울러 지난 회기에 해외선교사로 파송한 15가정과 국내에 개척한 41개 교회에 격려금을 전달했다.
이 밖에 총회는 ‘근속 15년 복권의 건’(경기지방회) ‘라이즈업뱁티스트를 정례화한 교단 기도주간으로 지정의 건’(경기지방회) ‘하늘영광교회 김동원 목사 제명의 건’(윤리위원회 인천중앙지방) ‘총회장 및 총무 후보자 등록비 수정의 건’(선거관리위원회) ‘감사위원회 폐지의 건’(임원회) ‘교단 내외 단체들과 MOU 체결의 건’(임원회) ‘교단 장애인주일 지정의 건’(임원회) ‘포괄적 차별금지, 양성평등으로 포장된 동성애 및 동성혼 합법화 반대를 위한 결의문’ ‘저출산 극복 및 낙태·자살 방지를 위한 생명운동 진흥을 위한 결의문’ ‘기후위기 극복과 창조세계 회복을 위한 결의문’ ‘종교의 자유와 자율성을 훼손하는 사립학교법 재개정 촉구를 위한 결의문’(임원회) ‘이동원, 김장환, 윤석전 목사의 명예총회장 추대의 건’(임원회) ‘지방회 탈퇴 조건 20개 미만 한시적 유예의 건’(임원회), ‘총회 규약에 명시된 규정이 없는 상황에서 반복되는 사고를 예방하고 회원교회 간의 화평을 지켜가자는 결의문’(새둔산지방) 등의 상정 안건을 처리했다.