임원단은 조문을 마친 후 서울시청 잔디광장에 따로 모여 희생자 유가족의 아픈 상처와 부상자들의 속한 쾌유를 위해 기도하는 시간을 가졌다. 대표로 기도한 서기 홍정자 목사는 “안타깝게 생을 마감한 젊은이들을 생각할 때 가슴이 아프다”며 “한국교회가 ‘우는 자들과 함께 울라’고 하신 말씀대로 슬픔에 잠긴 유족들을 위로하고 다시는 이런 불행한 사고가 일어나지 않도록 안전한 사회를 만드는 데 솔선수범하게 해달라”고 기도했다.
한편, 한교연 대표회장 송태섭 목사는 지난달 31일 발표한 긴급담화문에서 “거룩한 주일 아침에 지난밤 서울 이태원에서 일어난 끔찍한 참사 소식을 접하고 안타까운 마음을 금할 수가 없다. 청천벽력 같은 소식을 접하고 망연자실할 유가족 여러분께 하나님의 위로와 평강이 임하시길 빈다”며 한국교회가 주일 또는 수요예배시 희생자와 가족, 부상자를 위해 기도하는 등 국가적 아픔에 동참할 것을 요청한 바 있다.