이 총장은 2일 발표한 사퇴 입장문에서 “오늘 과도기의 총장으로서 오랫동안 기도하며 고심해오던 한 가지 문제에 대해 마침내 결론을 내렸다. 정이사 체제가 가시화되던 작년 가을부터 저의 가장 큰 기도제목은 총장인 제가 정이사의 일원으로 참여하는 것과 참여하지 않는 것 중에서 어느 것이 더 학교의 발전과 안정화에 유익이 될 것인가 하는 것이었다”고 했다.
그는 “참여를 한다면 학교구성원의 대표로서 정관개정이나 학사관련 여러 결정과정에 직접적인 역할을 할 수 있다는 장점이 있고, 참여하지 않을 경우는 대내외적으로 자유로운 위치에서 학교의 유익을 위해 더 넓게 활동할 수 있다는 장점이 있었다”고 했다.
이어 “이 두 가지 점을 동시에 생각하며 결론을 내리지 못하다가 마침내 오늘 저는 참여하지 않는 쪽으로 결정을 했다”며 “그것이 더 학교발전과 안정화에 유익이 되겠다는 판단이다. 총신대학교는 총회(예장 합동)가 세운 학교로서 총회에 속한 모든 분들의 존중과 사랑을 받는 것이 중요하기 때문”이라고 했다.
이 총장은 “또한 총신대학교 평의회와 총회에서 추천한 정이사 후보들의 면면을 보면 훌륭한 분들이 많이 포함되어 있기 때문에 그런 분들로만 정이사회가 구성된다면 총장이 굳이 이사로 참여하지 않아도 학교가 우려할만한 일은 발생하지 않을 것이라는 믿음도 제가 이 결정을 하게 된 이유”라고 덧붙였다.
그는 “저를 정이사 후보로 추천한 학교 평의회 의원님들께는 죄송하게 되었지만 저의 판단과 충정에 공감해주실 줄로 믿는다”며 “저의 이 결정은 하나님과의 긴밀한 대화 속에서 제가 평생 그렇게 해왔던 것처럼 하나님께서 주신 마음을 중심으로 제 스스로가 내린 결정”이라고 했다.