복음주의는 역사 속에서 다윈의 진화론 문제에 어떻게 반응하였는지 조금 더 살펴보자. 19세기 미국 복음주의자들은 신학자와 적절히 훈련받은 평신도는 가장 중요한 현대 과학의 결과를 성경에 대한 전통적 해석과 조화시켜야 한다고 여겨왔다. 또한 복음주의 지도자들 일부는 과학적 결론을 전통적 기독교 신앙의 변증이 될 수 있는지를 입증하려고 노력하여 왔다. 복음주의자들은 보통 과학이란 “베이컨주의” 혹은 입증된 개별적 사실에서 출발하여 좀 더 보편적인 법칙을 엄밀하게 추론하는 것으로서 그것은 모든 학문 분야의 데이터를 이해할 수 있는 최선의 방법을 제공한다는 믿음을 가졌다.
과학에 대한 이러한 접근 방법은 찰스 다윈(Charles Darwin)의 종의 기원(Origin of Species)의 출판에 대한 복음주의의 반응으로 나타났다. 진화에 대한 현대 논쟁과 비교해 볼 때, 인류의 기원에 대한 논쟁의 초기 반응은 오늘날 믿기 어려울 정도로 다양한 복음주의적 결론과 비교적 차분한 논쟁 분위기를 유지하였다. 미국의 과학 공동체가 유기체 진화론을 받아들이기 전까지, 신학적 교리 면에서 매우 다양했던 개신교 지도자들은 다윈의 변이 가설을 단순히 해로운 과학쯤으로 생각하여 한마음으로 거부할 수 있었다. 1860년대 까지만 해도 다윈주의와 합리적인 복음주의 신학을 화해시킬 수 있다고 생각했던 미국인들은 소수에 불과했다. 그러나 매우 흥미롭게도, 상당히 보수적인 신학적 견해를 가지고 있던 조합 교회의 아사 그레이(Asa Gray)는 북아메리카의 지도적 다윈주의자였다. 그는 미국인들이 다윈주의를 진지하게 받아들일 수 있게 하는 데 있어서 다른 어떤 과학자보다 큰 공헌을 했다. 하버드 대학 시절, 그레이는 전통적인 신학적 입장을 견지했던 자연주의자였다. 1880년 그는 자신을 가리켜 “과학적인 면과 자신의 스타일에 있어서는 다윈주의자이고, 철학적인 면에서는 확고한 이신론자이며, 종교적인 면에서는 ‘보통 니케아 신경이라고 불리는 신앙고백’을 받아들이는 기독교 신앙의 지지자” 라고 설명했다. 동시에 그레이는 자연 도태 이론이 세상에 대한 하나님의 섭리적 계획과 보존을 지지하는 것으로 해석될 수도 있다고 주장하면서 다윈과 논쟁하였다. 다윈은 그 점을 확신하지 못하고 있었지만, 그레이는 그것에 대해 결코 의심을 품어본 적이 없는 듯했다.
그런데 1870년 미국의 과학자들이 유기체 진화의 대략적인 내용을 수용하자 상황은 극적으로 바뀌었다. 이제 복음주의자들은 유서 깊은 기독교의 실천을 따를 것인지(전통적인 결론을 진화론에 맞추어 조정하기)아니면 이 새로운 도전에 대항하여 선을 그어야 할 것인지를 결정해야 했다. 세 가지 입장이 대두되었다. 보수적인 반대자들은 진화론이 성경에 대한 자신들의 이해와 일치하지 않는다는 종교적인 이유 때문에 진화론을 거부하고 관할권 밖으로 내몰았다. 장로교회의 존 더필드에 의하면 다윈이 설명한 진화론은 “인간의 기원과 현재의 영적 상태에 대해 성경이 가르치는 내용과 조화를 이룰 수 없었다.” 진화론이 구속에 대한 기독교의 설명을 저버린 것은 그 이론이 “성경의 중심적인 종교 사상”을 잘라 버렸기 때문이다.
반면에 개신교 신앙과 진화론을 일치시키는 것이 가능하다고 생각했던 사람들이 나타났다. 신학적으로 보수적인 진화론자들과 오버린 대학의 조지 라이트(George Frederick Wright, 1838-1921)와 프린스톤 신학교의 벤저민 워필드(B. B. Warfield)는 역사적인 기독교 교리의 범주 안에서 진화론을 인정하는 것이 가능하다고 생각했다. 회중교회 목사이자 국제적 명성을 얻은 아마추어 지질학자였던 조지 라이트는 「진화론의 소멸」이라는 책에서 유신론적 진화론과 특별 창조론자들의 전통적인 견해 사이의 중간적 입장을 취하려는 시도를 한 사람이었다. 1930년대까지 근본주의자들은 맥코쉬(James McCosh)나 라이트(George Frederick Wright) 그리고 워필드(B. B. Warfield)가 제시한 대안을 철저하게 거부하였다. 그러나 대다수의 사람들은 신학에 적응하기 위한 일부로서 진화론을 수용하기 시작한다.
19세기 미국의 복음주의자들은 계속해서 성경은 모든 것을 이해하는 포괄적인 틀을 제시해야 할 뿐만 아니라, 과학자들의 의견까지 제시해야 한다는 생각을 확고하게 견지했다. 남북 전쟁의 상흔이 가시지 않은 1869년 12월 17일 뉴욕의 쿠퍼 유니온 대학에서 당시 코넬 대학의 총장이 된 37살의 화이트헤드(A. D. Whitehead)는 신앙과 과학에 대한 폭탄을 하나 던진다. 당시까지 학생과 교직원의 선발과정에서 부여되었던 신앙적 검증 절차를 파기하고 코넬 대학을 과학을 위한 도피처(asylum)를 만들 것이라고 선언했다. 화이트헤드는 앞으로의 역사는 현세대가 종교와 과학의 관계를 어떻게 보느냐에 따라 좌우된다고 주장했다. 화이트헤드에 의하면 종교와 과학 간의 적대 관계는 아주 사소한 것이며 기독교는 과학의 발달을 저지하기보다는 오히려 부추겼다고 본다. 화이트헤드의 눈으로 보면 창조와 진화 논쟁은 부차적인 것이었다. 과학은 논쟁과 관계없이 진행할 것이기 때문이었다. 이것은 오늘날 과학적 이슈에 대해 복음주의의 혼란이 예견될 수 있는 발언이었다. 이것은 곧 프린스턴 신학에서 나타나기 시작한다. 프린스턴 신학자들은 19세기 전체를 거쳐서 주도적 신학의 위치를 유지하면서 과학과 신앙의 대면에도 활발히 관여한다. 왜냐하면 프린스턴에 있던 지리학, 지질학, 생물학 등등의 대변자들이 그들의 동료 신학자들과 같은 종교적 세계관을 공유하고 있었기 때문이다.
1812년에 프린스턴 신학교의 제 1 교수 취임 연설에서 아키발드 알렉산더(Archibald Alexander)는 과학적 결론에 개방적이고자 하는 이유를 다음과 같이 밝혔다. “자연의 역사와 화학, 그리고 지질학은 성경 안에 있는 난제들을 해결하도록 성경 연구자들을 돕는 면에서, 혹은 이러한 과학의 비호 아래 만들어진 적대자의 공격을 물리칠 수 있게 하는 면에서 중요한 공헌을 했던 경우가 많았다.” 알렉산더의 후임자인 찰스 핫지(Charles Hodge, 1797-1878)는 한걸음 더 나아가, 거룩한 창조의 기본 틀 안에서의 과학의 제한적인 자율성을 지지한다. 성경의 완전한 신뢰성을 바탕으로 성경에서 발견될 것으로 생각되는 결론을 미리 전제하지 않고 과학자들이 각 분야에서 적절한 귀납적 연구를 추구해야 된다는 것이다. 그러나 만일 성경의 연역적 결론이 과학과 갈등을 일으킬 때는 어찌할 것인가? 과학의 가르침을 수용하고 계시를 제쳐둘 경우 위험천만한 일들이 일어나지 않는 다는 보장이 있는가? 핫지는 성경에서 파악된 것이든 자연에서 파악된 것이든 사실은 자명하다고 믿는 지나치게 단순한 신앙을 가지고 있었다. 핫지에게 있어 자연은 성경과 마찬가지로 하나님의 참된 계시였다. 그러므로 핫지가 볼 때 우리가 성경을 과학으로 해석할 때 우리는 하나님의 말씀으로 하나님의 말씀을 해석하는 것이다. 찰스 핫지는 1859년 다윈의 『종의 기원』(Origin of Species)이 출판된 이후 진화론에도 특별한 관심을 기울인 학자 가운데 하나였다. 핫지는 1874년 ⌜다윈주의란 무엇인가?⌟(What is Darwinism?)를 통해 진화론에 대한 관심을 보여준다. 핫지는 진화론의 특징으로 진화 또는 모든 식물과 동물의 유기체가 하나 또는 아주 적은 수의 원시 균류(primordial living germs)로부터 생겨나고 발전했다는 가정과, 이 진화가 자연 선택(natural selection) 또는 적자생존(the survival of the fittest)에 의해 일어났으며 결국 다윈의 이론은 자연선택이 초자연적 지성의 설계(design)없이 비지성적인 물리적 원인에 의해 수행되었다고 보았다. 핫지는 우주의 창조와 섭리 과정에서 지성적 설계를 배제하면 하나님의 의도와 목적에 따른 창조의 가능성을 부정하므로 목적론적 설명이 배제된 다윈의 진화론은 수용할 수 없었다. 진화론의 자연선택 개념이 초자연적 설계나 목적의 원리를 방법론적으로 배제하게 되면 결국 자연에 나타난 하나님의 섭리를 인정하는 신학과 결별할 수밖에 없기 때문이다. 따라서 핫지가 볼 때 다윈 자신이 무신론자임을 주장한 적은 없으나 다윈의 진화론은 근본적으로 무신론적이었다. 핫지는 성경과 과학이 원칙적으로 조화를 이룬다고 보았다. 핫지는 성경의 영감과 무오를 믿는 사람이었다. 그러므로 다윈의 진화론 같이 하나님의 초자연적 섭리(providence)를 무시하는 자연주의(naturalism)를 이론의 방법으로 삼는 과학의 이론은 신학적으로 받아들일 수 없음을 분명히 한 것이다.
하지만 반대로 진화론을 인정하는 신학자들도 나타났다. 앞에서 서술한대로 핫지의 뒤를 이은 프린스톤 신학교의 워필드(B. B. Warfield)는 대표적인 사람이었다. 워필드는 진화론을 기독교가 수용할 수 있다고 보았다. 워필드는 칼빈도 자신처럼 진화론자로 보았다. 마크 놀(M. A. Noll)이 칼빈을 진화론자라고 주장한 것도 결국 워필드의 견해로부터 기인한다. 하지만 이것은 너무 앞질러 간 것으로 여겨진다. 칼빈의 시대는 진화의 시대도 아니었고 칼빈의 어떤 주석에도 진화론은 등장하지 않으며 칼빈은 두드러진 과학의 이론도 아니었던 진화론에 적응할 리가 결코 없었다. 워필드는 다윈이 기독교를 거부한 이유는 사변과 가설에 너무 편견이 동원되어 생각의 위축을 가져와 바른 판단을 내리지 못하였기 때문이라고 보았다. 진화론은 맞되 다윈이 세련되게 그 이론을 정리하여 기독교와 충돌하지 않도록 내놓지 못했다는 이야기이다. 이런 것들이 복음주의 진영 안의 일치 되지 않는 논란을 가져왔다. 진화론과 관련된 문제를 어떻게 보아야 하는 가는 복음주의 진영 안에서 서로 일치 되지 않는 골치 아픈 문제였다. 이렇게 기원 논쟁에 있어 복음주의 진영은 두 갈래로 나누어 지기 시작했다.