6.4 교육감 선거에서 진보성향의 교육감이 17명 중 13명이 진보성향으로 당선되면서 교육감 선거제도 폐지사안이 여야쟁점으로 부상했다. 새누리당이 현행 교육감 직선제를 폐지하고 임명제로 전환하는 방안을 추진하는 방안을 발표하자 야당인 새정치민주연합은 "국민의 선택을 무시한 오만한 생각"이라며 반대하고 있다.
새누리당 주호영 정책위의장은 9일 당 비상대책위원회 회의에서 "6·4 교육감 선거가 끝나고 언론에서 여러 가지 교육감 선거제도의 문제점을 지적하고 있을 뿐만 아니라 가장 큰 교원단체인 교총이 현행교육감 직선제의 위헌 소송을 제기한 상태"라며 "야당이 이 문제를 직시하고 조기에 고치는 노력을 같이 해줬으면 좋겠다"고 말했다.
주 정책위의장은 교육감의 임명제도 언급했다. 그는 해외사례를 통해 "미국은 36개 주에서 임명제를 채택하고 있고, 일본과 영국, 독일, 프랑스, 핀란드 등 교육이 매우 발달한 나라도 모두 교육감에 한해서만은 임명제를 채택하고 있는 실정"이라며 "올해 1월 9일 여의도연구원에서 조사한 여론조사에 의하면 국민 중 56.4%가 (교육감) 직선제 폐지를 찬성했다"고 밝혔다.
그는 교육감 직선제의 문제로 ▲ 과도한 선거비용 ▲ 끊이지 않는 비리 문제 ▲ 인지도 부족으로 인한 '로또 선거' 등을 꼽았다.
이완구 원내대표도 이날 한 매체와의 인터뷰를 통해 교육감 직선제 폐지와 대안 마련을 위해 당내에 태스크포스 설치를 지시했다고 밝혔다.
새정치연합은 강하게 반발했다. 새정치연합 박광온 대변인은 "교육감 대통령 임명제로 가야 된다는 등의 주장은 시대를 거스르는 발상"이라며 "교육감 선거 중 일부 개선해야 할 부분이 있다면 공론 과정을 거쳐 보완해 나가면 될 일"이라고 논평을 냈다.
교육감 직선제는 정치권 뿐만 아니라 교육현장에서도 논란이 되어왔다. 6.4지방선거가 끝난 다음날인 지난 5일, 한국교원단체총연합회는 직선제 폐지를 위해 헌법소원을 내겠다고 밝혔다. 안양옥 한국교총 회장은 6일 CBS라디오 김현정의 뉴스쇼에서 "헌법 31조 4항은 교육의 정치적 중립성을 보장해야 한다고 규정하고 있는데 교육감 직선제로 인해 학교 현장과 모든 구성원이 정치적 소용돌이에 빠지게 됐다"고 주장했다.
그러나 전국교직원노동조합은 교육감 직선제 폐지 주장에 대해 "주민자치라는 민주주의를 근본적으로 부정하는 것"이라며 반발했다. 또한, "혁신교육과 교육복지, 평등교육을 표방한 진보 교육감에 대해 국민들이 높은 지지도를 보였다"며 "색깔론에 의존했던 보수교육감의 패배에 대한 근본적인 성찰 없이 진보교육감 당선을 봉쇄하려는 정치적 술수"라고 비판했다.