박근혜 대통령이 사고 발생 이틀째인 17일, 오후 사고해역인 진도일대를 방문했다. 이날 오전 전용기편으로 경기도 성남 소재 서울공항을 출발, 광주공항에 내린 뒤 육로로 진도로 이동했다. 오후 1시 반경에 진도 서망항에 도착한 박 대통령은 해경소속 경비정으로 갈아타고 병풍도와 관매도 사이인 사고 해역에 도착해 구조 작전 환경을 직접 점검했다. 이어 해경과 해군 관계자들로부터 구조 진행 상황을 보고받고 모든 인력과 장비를 동원해 실종된 탑승자 수색 및 구조 활동에 총력을 다해 달라고 거듭 당부했다. 박 대통령의 전격적인 현장 방문은 진행 중인 구조 작업을 독려하고 관계기관 간 유기적인 협조를 당부한 것으로 보인다.
현재 청와대는 이번 사고의 심각성을 감안, 당초 이날 오후 박 대통령 주재로 열릴 예정이던 '공공기관 정상화 워크숍'을 무기한 연기했으며, 현재 국가안보실 내 위기관리센터를 중심으로 정부 유관 부처와 함께 사고 수습 및 대책 마련을 위해 비상근무 중이다.
청와대에 따르면 박 대통령은 지난밤 뜬눈으로 지새우며 사고 수습 및 구조현황 등을 실시간 보고받으며 점검한 것으로 알려졌다. 김장수 안보실장은 위기관리센터로 옮겨 진도 침몰 사고 현장에서 이뤄지고 있는 구조 상황을 박 대통령에게 실시간 보고하고 있는 것으로 알려졌다.
이에 앞서 박 대통령은 사고 당일인 전날 오전 김장수 국가안보실장로부터 즉각 관련 보고를 받은 뒤 김석균 해경청장에게 전화를 걸어 탑승자 구조 등을 위한 신속한 조치를 지시했다. 같은 날 오에는엔 정부서울청사 내 중앙재난안전대책본부(중대본)를 긴급 방문해 구조에 총력을 다할 것과 사고자 가족들에 대한 지원을 당부했다.