한국기독교총연합회는 그동안 독소조항이 포함된 차별금지법을 강력히 반대해 왔으며, 대표 발의한 김한길, 최원식 의원이 최근 이 법안을 철회한 것에 대해 환영의 뜻을 표한다. 한국기독교총연합회 산하 교단, 단체들은 차별금지법과 관련하여 반대의견 개진 및 성명 발표, 항의전화, 집회 등으로 기독교 정신에 반하는 것과 대적하여 왔으며, 앞으로도 진리에 대한 문제는 타협 없이 보수해 나갈 것임을 분명히 밝힌다. 뿐만 아니라 기독교와 연관된 내용에 대해서는 협의 절차를 진행해 주길 희망한다.
차별금지법은 '동성애', '학생들의 임신 및 출산'에 대해서조차 금지하거나 교육하지 못하게 하는 해괴망측한 법안이었다. 창조의 질서는 남자와 여자가 서로 만나 가정을 이루고 자녀를 낳아 기르는 것이다. 오늘날 가정의 파괴에 대해서는 모두가 깊이 회개하며, 마음을 새롭게 하여 믿음 안에서 행복한 가정으로 변화시켜 가야 할 것이다. 그렇다고 전통적인 가정이 제 역할을 못한다고 하여 동성애를 인정하라 하는 것은 어불성설이며, 악을 악으로 해결하는 것 밖에 되지 않는 것이다. 한국기독교총연합회는 하나님의 창조의 질서를 따라 아름다운 가정을 이루어가고 축복 속에 자녀를 나아 성장케 하는 삶을 살 수 있게 하는데 최선을 다할 것이다.
또한 차별금지법안에 포함된 '임신 및 출산'에 대한 차별금지는 이미 학생인권조례에서 그 문제점이 심각히 드러난 바 있는데도 불구하고 법제화 시키려한 불합리한 조항이었다. 가치관이 제대로 정립되지도 못한 청소년들이 '임신'과 '출산'을 본인들이 가진 자유이기에 차별 받지 않을 권리가 있다고 한다면 제대로 가르쳐야 하지 않겠는가? 이를 차별 금지라는 법으로 막아, 가르칠 수 없게 하고 바른 길로 인도해 주지 못한다면 대한민국의 미래는 어두울 뿐만 아니라 절망스러울 수밖에 없을 것이다. 한국기독교총연합회는 청소년, 학생들이 바른 교육을 받고 도덕적이고 윤리적인 가치관을 정립하여 세계를 이끌고 대한민국을 빛내는 이들로 자라나길 기대하며 기도한다.
다행히 2건의 차별금지법은 우리의 반대와 문제의 심각성을 파악하여 발의한 의원들에 의해 철회가 되었지만, 통합진보당 김재연 의원은 여전히 본인이 발의한 차별금지법을 철회하지 않았고 심지어 "19대 국회에서 통과될 수 있도록 흔들림 없이 노력하겠다"고 하고 있다. '국기에 대한 경례'나 '애국가 제창'과 같은 대한민국 국민으로서의 기본적인 것과 관련하여 문제가 거론된 자가 과연 대한민국의 법을 제정하는 일에 관여 할 수 있도록 하게 하는 것이 옳은 일인지 반문하고 싶다. 김재연 의원은 이미 윤리특별위원회에 '자격심사안'이 심사 중인 것으로 알고 있다. 한국기독교총연합회는 윤리특별위원회가 김재연 의원의 자격심사를 철저히 하고, 논란이 되었던 '종북(從北)'에 대한 것도 확실히 심사하여 명명백백히 밝혀 줄 것을 요청한다.
한국기독교총연합회는 대한민국 1,200만 성도들을 대표하여 '악의적인 내용이 포함된 차별금지법'과 같은 기독교 정신을 훼손시키려는 행위에 대해서는 단호히 대처해 나갈 것을 밝히며, 대한민국 국민 모두가 행복하고, 서로간의 갈등을 치유하여 하나로 화합해 가는데 노력할 것이다. 또한 역사의 주관자 되시는 하나님께 기도하며, 남북의 평화와 통일을 위해 앞장 설 것이고 한민족이 세계 속에 자랑스러운 민족이 되길 소망한다.